El origen de la Parroquia de San Pedro, de Calasparra, se pierde en la oscura noche de la Baja Edad Media, cuando esta debió de nacer de la mano en el siglo XII o XIII de la mano de los repobladores cristianos y de la Orden militar de San Juan del Hospital (más conocida como Orden de Malta); a la que rey Sancho IV de Castilla dono la villa en 1289. Siendo los caballeros de esta Orden de San Juan quienes edificaron la Iglesia Parroquial de San Pedro Apóstol, según los datos del año 1414 contenidos en el archivo de la sede del priorato. 

La parroquia de Calasparra deja de pertenecer formalmente a la Orden de San Juan en el año 1873, según el decreto de las Cortes Españolas. 

Del archivo parroquial sólo se conserva una parte que fue escondida durante la Guerra Civil Española, el resto fue quemado en el incendio da Iglesia y sus dependencias. Después de la contienda la Iglesia parroquial fue reconstruida y la parroquia fue enriquecida en la década de los años cuarenta del siglo XX con la Iglesia de la Merced, donde hoy día se concentra la mayor parte del a vida parroquial y está la residencia del párroco.